1、知识不足，形成心理障碍

企业实施MES往往是两种不同知识结构的人才，一种是传统的IT人员，另一种是工业控制人员（或设备管理员），因为MES是一个专业交叉强大的综合项目，两种人员由于知识结构差异（IT人员不熟悉设备、控制等，工业控制人员不熟悉IT），所以无论谁领导MES项目实施都有一定的心理障碍，即使有些企业在实施MES的过程中将这两种人才整合成一个项目团队，但如果双方缺乏合理的沟通机制，理解往往存在偏差。

2、前期信息化实施矛盾集中体现

许多企业实施MES软件的动机来自早期信息项目，特别是ERP项目实施应用在一定程度上，应用更好的客户，在ERP深化应用的过程中，发现只有ERP系统不能很好地解决生产管理问题（如信息及时反馈、质量管理、先进计划排程等）。希望通过MES的实施来解决以前的问题，因此早期ERP等项目应用中的矛盾无疑是IT人员的一个巨大挑战。此外，MES的定位是制造执行系统，许多人认为它抓住了“救命稻草”，希望通过MES解决所有涉及生产管理的问题。

3、个性强，涉及企业核心业务

因为MES软件的实施必然涉及到制造企业的核心业务——生产，而且非常个性化，所以企业在实施MES时非常谨慎，经常采取保守的策略，毕竟，生产线经不起折腾。

4、系统庞大，谁先谁后缺乏认识

这样一个系统是巨大的。模块与模块之前的逻辑关系如何？先实施那个，再实施那个？实施的前提是什么？非常复杂。

5、与ERP等系统之间的边界不清楚

同时，MES在功能描述上与ERP相同，在功能上也有一定的重叠和交叉，那么真正的内涵和延伸呢？如何定义它们之间的边界？如果没有对ERP和MES的深入研究，就很难定义它们。

6、不同的供应商关注不同的焦点

此外，由于进入该领域的背景不同，MES解决方案的供应商也有不同的关注点。今天强调界面，明天强调质量，这些企业似乎都需要，但如何选择真正适合自己的，给企业的选择和决策带来了困难。

上述情况的本质原因是企业对自身MES软件需求的需求和理解。如果企业对需求有清晰的认识，上述问题就不会成为问题。